本センターは、研究科を横断する大学院教育プログラムの運営組織として、2018年4月に設置しました。博士課程教育リーディングプログラム及び卓越大学院プログラム等学位記付記型の大学院横断教育プログラムを、総長主導の下、全学的に総括、運営しています。
　本センターには、「大学院横断教育プログラム運営協議会」を置き、大学院横断教育プログラムの運営に関する重要事項を審議・決定する体制を構築しています。各研究科長を構成メンバーに加えることにより、教育プログラムの実施、継続、発展に向けた責任の共有と、プログラムに対する学内協力体制を構築しています。さらに、運営協議会の下に「大学院横断教育プログラム運営委員会」を置き、各プログラムコーディネーターに加えて教育制度委員会委員等が複数参加することにより、プログラム関係者以外の外部的視点を確保して、教育プログラムの質保証を始めとする実施内容の企画、検証、評価（PDCA）に取り組んでいます。
　2021年３月より、本センターに新たに「科学技術イノベーション創出フェローシップ事業実施委員会」を置き、博士課程の学生が集中して研究に取組み、視野を広げることを支援する環境整備を進めます。
　本センターが大学院改革を先行実施する拠点となり、その成果を本学の大学院教育全体に波及させていくことを目的としています。